Extracción y purificación de ADN
Anandika Dhaliwal (anandika dot dhaliwal at gmail dot com)
Rutgers University, New Jersey, United States
Translator
Agustin Carbajal (quiocarbajal at gmail dot com)
Cordoba, Argentina
DOI
//dx.doi.org/10.13070/mm.es.3.191
Date
fecha : 2016-10-24; original version : 2013-05-26
Cite as
MATER METHODS es 2013;3:191
Resumen

Revisión exhaustiva sobre kits de extracción y purificación de ADN citados en literatura.

English Abstract

A comprehensive review about DNA extraction and purification kits cited in literature.

Introducción
Consideraciones básicas

La extracción del ADN es requerida para una variedad de aplicaciones en biología molecular. Muchos kits comerciales se encuentran disponibles. Se ha demostrado que la sensibilidad de detección de la PCR es diferente para diferentes kits de ADN [1].

Extracción y purificación de ADN  Figura 1
Figura 1. Pasos básicos involucrados en todos los métodos de extracción de ADN.

Seleccionar el kit correcto puede ahorrar tiempo crucial en optimización del kit y ejecución del experimento. Los factores a considerar para seleccionar un kit incluyen:

  1. Origen de la muestra: diferentes kits son utilizados para diferentes fuentes, incluyendo tejidos humanos, sangre, pelo, tejidos de roedores, hojas, bacterias, levaduras, fungi, insectos, heces, fluidos corporales, esporas, suelo, muestras clínicas (por ej. muestras de biopsias, aspirados), muestras forenses (por ej. manchas de sangre seca, hisopados bucales) y huellas dactilares.
  2. Método de preparación: la preparación de la muestra puede ser: precipitados frescos o previamente congelados, secciones de tejidos embebidos en parafina o fijados con formalina, secciones de tejido congelado, células fijadas en etanol y muestras preservadas en Orange® .
  3. Uso previsto: la calidad y pureza del ADN provisto por el kit debe ser adecuada para las subsiguientes aplicaciones, las cuales pueden ser secuenciación, determinación de huella genética, PCR, qPCR, Southern blot, RAPD, AFLP y RFLP, digestiones con enzimas de restricción, preparación de librerías para secuenciación por “shotgun”.
  4. Contenido húmico: si la muestra tiene contenido húmico tal como compost, sedimento y estiércol, se debe utilizar un kit/método que remueva el las substancias húmicas, ya que pueden inhibir las subsiguientes aplicaciones como la PCR.
  5. Cantidad de muestra: el kit a ser utilizado depende del número de células de mamífero cultivadas (105-107) y células bacterianas (106-1011), tejido (mg), cantidad de sangre (100 ul to 1 ml), suelo (250 mg - 10 g), tejido de hoja de planta (mg), etc.
  6. Rendimiento.
  7. Automatización.
  8. Simplicidad: la operación del kit depende de la experiencia del personal.
Fuente de muestra
CCTM SaBaFuAlLePlIn
microbios
Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)*
QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)*
QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen)*
ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)**
Plasmid Maxi Kit (Qiagen)*
BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies)*
PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)***
PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories)***
Células y tejidos de mamíferos
AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)***
Arcturus DNA Extraction Kit (Arcturus)**
GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare)**
DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)*
InnuPrep DNA minikit (AJ Innuscreen)**
QIAamp DNA mini kit (Qiagen)***
AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)**
Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter)**
plantas
NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II, Clontech*
DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)**
Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare)**
Células de mamíferos y microbios
DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)****
Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen)****
DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)******
Genomic DNA from Tissue kit (Macherey Nagel)*****
GeneJET Genomic DNA Purification Kit*****
FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals)*******
Células de mamíferos, microbios y plantas
ArchivePure DNA purification kit (5Prime)******
DNA Isolation Kits (BioBasic)*******
FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC)*********
DNAzol® Reagent (Invitrogen)********
Easy-DNA® Kit (Invitrogen)******
Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)*******
sangre
DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)*
InnuPREP Blood DNA Mini Kit (AJ Innuscreen)*
Porductos de PCR
Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega)
QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen)
MinElute PCR Purification Kit (Qiagen)
GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich)
PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies)
GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific)
Extracción de gel
MinElute Gel Extraction Kit (Qiagen)
ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit (Zymo Research)
Otros Kits
NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 (New England Biolabs)
GS FLX Titanium  Rapid Library Preparation Kit (Roche)
Tabla 1. Kits

para la extracción y purificación de ADN. CC: células en cultivo; TM: tejido de mamíferos; Sa: sangre; Ba: bacterias; Fu: fungi; Al: algas; Le: levaduras; Pl: plantas; In: insectos

Los criterios básicos que debería cumplir un método para purificar ADN de cualquier fuente incluyen: (1) extracción eficiente, (2) cantidad de ADN purificado suficiente para las subsiguientes aplicaciones, (3) remoción de contaminantes, (4) calidad y pureza del ADN. La absorción ultravioleta puede ser utilizada para evaluar la pureza del ADN extraído. Para una muestra pura de ADN, la relación entre la absorbancia a 260 y 280 nm (A260/A280) es 1.8. Una relación < 1.8 indica que la muestra se encuentra contaminada con proteínas o solventes orgánicos como fenol. En la figura 1 se listan los pasos básicos involucrados en el método de purificación de ADN.

Métodos comunes de purificación de ADN

Diferentes métodos de extracción resultan en diferente pureza de ADN y poseen diferente rendimiento. Algunos de los métodos han sido evaluados sistemáticamente para aplicaciones específicas tales como muestras de suelo y sedimento [2], microbioma humano [3], y muestras fecales [4-6].

Extracción orgánica

En este método convencional de amplio uso, las células son lisadas y los restos celulares generalmente se remueven por centrifugación. Las proteínas son desnaturalizadas/digeridas utilizando una proteasa y precipitadas con solventes orgánicos tales como fenol, o una mezcla 1:1 de fenol y cloroformo, y el precipitado de proteínas es removido por centrifugación. El ADN purificado suele ser recuperado por precipitación con etanol o isopropanol. En presencia de cationes monovalentes como el Na+, y a temperatura de -20°C, el etanol absoluto precipita eficientemente ácidos nucleicos poliméricos y deja atrás ácidos nucleicos monoméricos y de cadena corta, incluyendo los ribonucleótidos del tratamiento con RNAsa en solución. Este método utiliza solventes orgánicos peligrosos, relativamente lleva mucho tiempo, y el fenol o cloroformo residual pueden afectar las aplicaciones subsiguientes tales como la PCR. El kit Easy-DNA® Kit (Invitrogen) es un ejemplo.

Tecnología basada en sílica

Este es un método ampliamente utilizado en los kits actuales. El ADN se adsorbe específicamente a membranas/esferas/partículas de sílica en presencia de ciertas sales y a un pH particular. Los contaminantes celulares son removidos por pasos de lavado. El ADN es eluido en un búfer de baja salinidad o búfer de elución. Sales caotrópicas son incluidas para promover la desnaturalización de proteínas y la extracción del ADN. Este método puede ser incorporados en columnas de centrifugado y microchips, es efectivo en relación a su costo, tiene un procedimiento más simple y rápido que la extracción orgánica, y es compatible con la automatización. Los kits basados en este método incluyen el Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen) y el DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen).

Separación magnética

Este método está basado en la unión reversible del ADN a una superficie/esferas/partículas sólidas magnéticas, las cuales han sido recubiertas con un anticuerpo que une ADN o un grupo funcional que interactúa específicamente con el ADN. Luego de la unión del ADN, las esferas son separadas de otros componentes celulares contaminantes, lavadas y finalmente el ADN purificado es eluido utilizando extracción con etanol. Este método es rápido y puede ser automatizado. Sin embargo, puede ser más costoso que otras metodologías. Ejemplos son el kit Agencourt DNAdvance (Beckman Coulter) y el Magnetic Beads Genomic DNA Extraction Kit (Geneaid).

Tecnología de intercambio aniónico

Este método se basa en la interacción específica entre los fosfatos cargados negativamente de los ácidos nucleicos y moléculas de superficie cargada positivamente en el substrato. Esta tecnología es utilizada mas comúnmente en kits para el aislamiento de plásmidos, tales como el PureLink® HiPure Plasmid DNA Purification Kits (Invitrogen), Qiagen plasmid mini/midi kits y Genomic-tip, y NucleoBond® PC kits (Macherey Nagel).

Otros

Otros métodos incluyen la precipitación por sales (“salting out”), gradientes de densidad de cloruro de cesio y resina chelex 100. Los métodos de aislamiento de ADN suelen ser modificados y optimizados para diferentes tipos celulares. El bromuro de cetiltrimetilamonio (BCTA) y el tiocianato de guanidinio (TCGI) suelen ser incluidos en los protocolos de extracción de ADN de materiales vegetales, y son discutidos en mayor detalle en la sección “extracción de ADN de tejidos y células vegetales".

Kits Comerciales

La tabla 1 lista los kits utilizados en general para la extracción y pruficación de ADN, basado en los materiales fuente.

Aislamiento de ADN de microbios

Las células bacterianas se crecen en medio líquido hasta que alcanzan una densidad máxima de 2-3x109 células/ml, y luego son cosechadas. Las células colectadas son lisadas, generalmente mediante el uso de reactivos químicos tales como la lisozima, EDTA, lisozima y EDTA, detergentes, etc., seguido de la remoción de componentes celulares utilizando el método de extracción por solvente, o tecnología basada en sílica, etc.. El último paso involucra la precipitación del ADN para obtener ADN puro en alta concentración. Para levaduras y otros microbios se sigue un procedimiento similar.

Los kits disponibles incorporan modificaciones en el búfer de lisis, el método de separación del ADN, la membrana utilizada, el búfer de lavado y la recuperación del ADN, tal como se describe a continuación y en la tabla 2.

  1. Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene/Sigma-Aldrich): este kit es aplicable tanto a bacterias Gram negativas como positivas y el ADN extraído es adecuado para digestiones por endonucleasas de restricción, PCR y Southern blots. Emplea un sistema basado en sílica con un formato de microcentrifugado y puede aislar ADN de hasta 50 kb de largo. En este kit las células se lisan enzimáticamente en una solución que contiene sales caotrópicas, y el ADN es adsorbido específicamente en la membrana de sílica, luego los otros componentes en el lisado son lavados y los contaminantes removidos. Por último, el ADN es eluido en un búfer apropiado.
  2. BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies/Cambio): es ideal para aislar ADN de clones de copia única de BAC (cromosoma bacterial) o clones BAC CopyControl® inducidos, para aplicaciones tales como secuenciación, identidad genética, PCR y preparación de librerías para secuenciación por “shotgun”. Se basa en un procedimiento de lisis alcalina modificado, y utiliza una mezcla de EPICENTRE's® RiboShredder® y ARNasa junto con varios pasos de precipitación selectiva para remover contaminantes.
  3. QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen): estos kits son utilizados en combinación con el QIASymphony SP, y pueden purificar ADN de virus de ADN y ARN, así como de bacterias Gram negativas o positivas. Proveen purificación automática y simultánea de ácidos nucleicos virales del suero, plasma, o fluido cerebroespinal, o ácidos nucleicos virales y bacterianos de varias muestras incluyendo hisopados, aspirados, esputo, lavaje broncoalveolar, orina e hisopados urogenitales. Estos kits están basados en tecnología de partículas magnéticas y producen ácidos nucleicos para ser utilizados directamente en aplicaciones subsiguientes incluyendo amplificación y reacciones enzimáticas .
    Este kit es especialmente aplicable para analizar la microbiota fecal y se ha demostrado que otorga la puntuación de diversidad más alta, la más alta calidad de ADN y el más alto rendimiento con muestras fecales humanas, comparado con otros kits ampliamente utilizados [4]. ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research): ADN del huesped así como de bacterias y protistas (hasta 25 μg/prep) pueden ser eficientemente extraídos utilizando este kit a partir de ≤ 150 mg de muestra de heces de mamífero. Las muestras son eficientemente lisadas mediante el batido de microesferas de ultra alta densidad BashingBeads™. Luego se utilizan columnas de tecnología de centrifugado rápido para aislar el ADN el cual luego es filtrado para remover ácidos/polifenoles húmicos que puedan inhibir la PCR. El ADN eluido se encuentran listo para ser utilizado en aplicaciones subsiguientes de base molecular incluyendo PCR, microarreglos, genotipificación y detección de metilación.
    También sí ha demostrado que este kit otorga un mayor puntaje de diversidad y un ADN de mayor calidad y un mejor rendimiento a partir de muestras fecales humanas comparado con otros kits de amplio uso, pero similar a los kits QIASymphony Virus/Bacteria Kits [4].
  4. PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit puede ser utilizado para aislar ADN genómico de microbios de todo tipo de suelos y muestras ambientales, así como de muestras fecales y biosólidos. Provee un procedimiento patentado para la remoción de substancias húmicas/marrones que elimina inhibidores de PCR hasta de los tipos de suelo más difíciles, y produce ADN de alta calidad que puede ser utilizado en aplicaciones subsiguientes tales como PCR, qPCR y secuenciación de última generación. Este kit ha sido empleado para la extracción de ADN para evaluar la microbiota de intestinos humanos por secuenciación de ARNr 16S [5].
  5. PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit aísla ADN de grandes cantidades de cualquier muestra ambiental o de suelo, con alta o baja carga microbiana incluyendo bacterias Gram positivas y negativas, hongos, algas y actinomicetes, y con contenido húmico incluyendo compost, sedimento y estiércol. Está basado en el kit PowerSoil® ADN Isolation Kit y además utiliza una tecnología novedosa de remoción de inhibidor para remover inhibidores de PCR, incluyendo substancias húmicas. El color marrón a menudo se asocia con ADN de suelo.
  6. UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit lleva a cabo el aislamiento de ADN genómico de alta calidad de hasta 50 kb o mas, a partir de 1,8 ml de cultivo microbiano de varios de microorganismos incluyendo levaduras, fungi, bacterias Gram negativas y positivas, esporas de bacterias y tipos de hongos. El principio de este kit es lisar los microorganismos por una combinación de calor, detergentes, y fuerza mecánica contra microesferas especializadas. El ADN liberado luego es unido a una columna de centrifugado de sílica, lavado y el ADN es recuperado en búfer Tris libre de ADN certificado. Este kit ha sido ampliamente utilizado para analizar microbiomas fecales [6].
  7. QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen): este kit provee un método miniprep para plásmidos rápido, simple y costo efectivo para aplicaciones de rutina de laboratorio de biología molecular. Está basado en una tecnología de membrana de sílica. El procedimiento está basado en la lisis alcalina de células bacterianos seguido de adsorción del ADN en sílica en presencia de alta cantidad de sal. El ADN plasmídico purificado se encuentra listo para usar. La extracción por fenol y la precipitación por etanol no son necesarios, y ADN plasmídico de alta calidad es eluido en un pequeño volumen de agua o búfer Tris.
  8. Plasmid Maxi Kit (Qiagen): este kit puede ser utilizado para preparar ADN plasmídico superenrollado ultra puro con altos rendimiento. Está basado en un procedimiento modificado de lisis alcalina, seguido de la unión del ADN plasmídico a una resina patentada de QIAGEN bajo condiciones apropiadas de baja salinidad y condiciones de pH. El ARN, proteínas, colorantes, de impurezas de bajo peso molecular son removidas mediante un lavado de salinidad media. Finalmente, el ADN es eluido en un búfer de alta salinidad y luego concentrado y desalado por precipitación con isopropanol. Productos relacionados: QIAGEN Plasmid Midi Kit [7] y QIAGEN Plasmid Mini Kit [8].
Kit Fuente Rendimiento Usos y ventaja Referencias
Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)CultivoEl rendimiento varía desde 15 ug - 20 ug de ADN a partir de 0.8 - 1.5 ml de cultivo de toda la noche, dependiendo de la fuente y la OD600 por ml.Provee ADN para digestiones por endonucleasas de restricción, PCR y Southern blots. El ADN purificado posee una relación A260/A280 entre 1.6 y 1.9. Incluye diluyente de lisozima y solución ARNasa [9]
BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies)BAC Cultivo de cromosomas artificiales de bacterias (CAB)Produce de 0.6 a 25 ug de ADN de CAB a partir de 1.5 a 100 ml de un cultivo de copia única de CAB.El ADN purificado es adecuado para el secuenciación, la genotipificación, PCR y preparación de librerías para secuenciación por “shotgun”. Evita el uso de columnas o resinas de unión que disminuyen el rendimiento y rompen el ADN. Sin solventes orgánicos tóxicos. [10]
QIAsymphony Virus/Bacteria kitsMateriales varios: suero, plasma, líquido cefalorraquídeo (LCR), hisopados, aspirados, esputo, fecal, lavaje bronqueoalveolarhasta 96 muestras, en lotes de 24, son procesados en una única corridaTotalmente automatizable y aplicable para purificaciones simultáneas de ADN viral y bacteriano. Provee ADN de alta calidad para aplicaciones subsiguientes. [4]
ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)Heces de mamíferos (humanos, ratas, ratones, ganado) y avesHasta 25 μg de ADN total es eluido en ≥25 μl de búfer de elución por muestra (≤ 150 mg)Aísla ADN libre de inhibidores de PCR y es adecuado para PCR, microarreglos, genotipificación, detección de metilación, etc. Omite el use de desnaturalizantes orgánicos (proteinasas). [4]
PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)Muestras ambientales o de suelo con alto o bajo contenido microbianoPurifica ADN a partir de 10 g de suelo en 30 minutos.Produce ADN altamente purificado libre de inhibidores de PCR, el cual puede ser utilizado para PCR y PCRq. Alta sensibilidad de detección en muestras con baja carga microbiana. Produce ADN altamente purificado libre de inhibidores de PCR.. [2, 11]
PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories)Suelo, muestras ambientales; fecales, heces y muestras biosólidas.Purifica ADN de 250 mg de suelo en 30 minutosProvee ADN para PCR, PCRq y secuenciación de última generación [12-14]
UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)Fungi, bacterias Gram positivas y negativas, esporas bacterianasProduce ADN de más de 50 kb de alta calidad. Purifica ADN de cultivos microbianos en 20 minutos.Provee ADN para PCR, digestión de restricción. No se requieren solventes orgánicos peligrosos ni enzimas. [11]
QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)cultivoUn cultivo de toda la noche de 1,5 ml puede dar de 5 a 15 ug de ADN plasmídico. Procesa 1 a 24 muestras simultáneamente en menos de 30 minutos.Produce ADN plasmídico de alta calidad. Preparación de plásmidos de bajas copias o cósmidos a partir de 1 a 10 ml de cultivo de toda la nocheE. coli cultivos crecidos en medio LB. Purificación de plásmidos muy grandes (>50 kb). [15, 16]
Plasmid Maxi Kit (Qiagen)CultivoRinde hasta 500 ug de plásmidos de alta calidad de hasta aproximadamente 150 kb.Provee ADN plasmídico superenrollado de alta calidad con alto rendimiento para aplicaciones de biología molecular, transcripción y traducción in vitro, y modificaciones enzimáticas. [8, 17-19]
Tabla 2. Revisión general sobre kits de extracción y purificación de ADN microbiano.
Extracción de ADN de células y tejidos animales

Los pasos básicos involucrados en la extracción de ADN de células y tejidos animales son los mismos que los discutidos en la introducción y para los microbios. Sin embargo, los kits necesitan incorporar modificaciones para tener en cuenta las características especiales de las células animales. El cultivo y la preparación de células animales son a menudo diferentes de aquellas para células microbianas. La mayoría de las células animales no tienen pared celular como las células microbianas, y consecuentemente, son más fáciles de lisar y pueden ser lisadas utilizando sólo detergentes. Sin embargo, el tejido animal necesita primero ser homogeneizado mecánicamente o tratando con enzimas para ser lisado. La lisis celular es seguida de la separación del ADN de otros componentes celulares, y su purificación. Muchos kits no utilizan el método convencional de extracción orgánica requiriendo fenol/cloroformo y la precipitación con etanol. Esto resulta útil ya que minimiza el daño al DNA producido por los solventes orgánicos. Por ejemplo los kits AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer) y GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare) emplean empaques de columnas con fibra de vidrio para extraer el ADN. El kit QIAamp DNA mini kit (Qiagen) utiliza columnas conteniendo membrana de sílica, las cuales son capaces de retener el ADN bajo ciertas condiciones de salinidad y pH. El kit Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter) utiliza separación magnética.

Los kits disponibles para la extracción y purificación de ADN de células y tejidos de mamíferos son discutidos mas abajo. Un resumen de estos kits ha sido incluido en la tabla tres.

  1. AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer): este kit puede ser utilizado para extraer un promedio de 6 ug de ADN a partir de 200 ul de sangre humana completa y hasta 20 ug a partir de 5x106 linfocitos, 25-50 mg de tejido de mamífero, o 104-108 células cultivadas. Este kit es adecuado para sangre completa tratada con citrato o EDTA. No utiliza el método convencional para el aislamiento de ADN, y no requiere extracción con fenol/cloroformo, precipitación por etanol, etc. Primero se homogeneiza el tejido utilizando un mortero. Este kit utiliza fibras de vidrio dentro de la columna, las cuales son capaces de unir ADN en presencia de sales caotrópicas. Luego de lavar los contaminantes, el ADN es eluido por una solución de baja salinidad.
  2. Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit (Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit, LifeTechnologies-Invitrogen): estos kits pueden ser utilizados para cantidades muy pequeñas de células o tejidos. Utiliza la técnica de microdisección por captura láser habilitada por láser IR, la cual es ideal para la microdisección de una sola célula o un número pequeño de células.
    El ADN puede ser extraído y amplificado en el mismo tubo, lo que minimiza la pérdida de ADN y maximiza la cantidad de ADN aislado. Además, no requiere de solventes orgánicos ni columnas de centrifugado. Si bien la muestra puede ser preparada utilizando una variedad de métodos, los mejores resultados se obtienen a partir de secciones de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina, secciones de tejidos congelados, células fijadas con etanol, frotis citológicos y precipitados de células frescas o previamente congeladas.
  3. GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (Amersham Bioscience, GE Healthcare): este kit puede ser utilizado para la purificación de ADN a partir de sangre completa, capa leucocitaria, médula ósea, células eritroides nucleadas, células cultivadas, linfocitos y células bucales. Es adecuado para aplicaciones que requieren de hasta 15 ug de ADN genómico, y utiliza columnas empacadas con una matriz de fibra de vidrio. El kit provee tres métodos de purificación: 1) el método directo para procesar hasta 100 ul de sangre, 2) el método escalable para procesar hasta 1 ml de sangre completa o médula ósea y hasta 50 ul de capa leucocitaria, y 3) el procedimiento para linfocitos y células cultivadas el cual procesa hasta 5x106 de células cultivadas o hasta 1x107 de linfocitos.
  4. InnuPrep DNA minikit (Analytik Jena): este kit aísla ADN de muestras de tejido (hasta 50 mg), colas de roedores (0,5-1 cm), muestras de tejidos embebidos en parafina y células eucariotas (5x106 células). Este kit está basado en una tecnología patentada Dual Chemistry (DC), la cual combina un búfer restrictivo con un búfer de unión novedoso para ayudar a minimizar el tiempo requerido para purificar ADN, junto con columnas de filtrado por centrifugado. Luego del paso inicial de lisis utilizando el búfer de lisis, la extracción toma menos de 8 minutos. Productos relacionados: InnuPREP DNA Micro Kit, InnuPREP DNA/RNA Mini Kit.
  5. QIAamp DNA mini kit (Qiagen): este kit extrae ADN genómico, mitocondrial, bacteriano, parasítico o viral a partir de tejidos humanos, hisopados (bucales, de ojo, nasal, faríngeo y otros), LCR, sangre, fluidos corporales, y células lavadas de orina. El tejido es lisado enzimáticamente. Este kit es particularmente útil para el análisis de la estructura de la comunidad bacteriana del microbioma humano. El uso del kit QIAamp DNA mini kit junto con el empleo del batido de microesferas y/o mutanolisina para la lisis celular han demostrado dar una mejor representación de la diversidad microbiana en la muestra comparado con métodos sin ninguno de los dos (por ej. DNeasy Tissue kit, QIAamp stool kit) [3]. Productos relacionados: QIAamp DNA micro kit [10], QIAamp DNA blood mini kit [20-23], QIAamp DNA stool mini kit [16, 24-28], QIAmp DNA Blood Midi kit [29, 30], QIAamp 96 DNA Blood Kit [31, 32] y Blood Maxi Kit [33, 34].
  6. Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen): este kit puede aislar ADN a partir de sangre completa, médula ósea, capa leucocitaria y fluidos corporales. Las células son lisadas con un detergente y aniónico en presencia de un estabilizante de ADN. El ARN es degradado por una enzima de digestión de ARN. Otros contaminantes, tales como proteínas, son removidos por precipitación salina. Al final, el ADN genómico es recuperado por precipitación con etanol y disuelto en búfer TE (1 mM EDTA, 10 mM Tris-HCI pH 7.5). Productos relacionados: Gentra Puregene Tissue Kit [35-38] y Gentra Puregene Cell Kit [23, 39-41].
  7. AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen): puede ser utilizado con hasta 107 células o 30 mg de tejido. Este kit permite la purificación simultánea de ADN y ARN total a partir de una única célula o una muestra de tejido, utilizando la novedosa columna de centrifugado AllPrep DNA Spin olumn, y una columna de centrifugado RNeasy Mini Spin Ccolumn. Productos relacionados: AllPrep DNA/RNA Micro Kit.
  8. Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter): es un kit de reactivos para el aislamiento de alto rendimiento de ADN genómico a partir de muestras de tejidos de mamíferos frescas o congeladas. Utiliza la tecnología patentada por Agencourt de esferas paramagnéticas SPRI® para aislar ADN genómico. Este procedimiento es realizado en un formato de 96 pocillos y es adecuado para la automatización..
Kit Fuente RendimientoUso y ventaja Referencias
AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)Sangre completa, linfocitos, tejido de mamíferos y células en cultivo.6 ug de ADN genómico total a partir de 200 ul de sangre humana completa y hasta 20 ug a partir de 5x106 linfocitos, 25-50 mg de tejido de mamífero, o 104-108 células en cultivo.Extracción de ADN genómico total. Alta pureza de ácidos nucleicos y alto rendimiento. [42]
Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit (Invitrogen)Tejido de mamíferos y células en cultivoProvee una recuperación confiable y reproducible de ADN de tan poco como 10 células preparadas por microdisección por captura láser y también puede ser utilizada para muestras mayores de hasta varios microgramos de tejido o precipitados celularesProvee ADN para ensayos de PCR en tiempo real de punto final o cualitativa. Funciona con la mayoría de los tejidos y procedimientos de preparación de células. Extracción eficiente. [43]
GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare)Sangre completa, capa leucocitaria, médula ósea, células eritroides nucleadas, células en cultivo, linfocitos y células bucales.Provee de 2 a 4 ug de ADN a partir de 100 ul de sangre completa humana y 10 a 15 ug a partir de 5 ul de células sanguíneas nucleadas utilizando el método directo, 4.5 a 7.5 ug de ADN a partir de 300 ul de sangre humana utilizando el método escalable, y 8 a 14 ug a partir de 2 x 106 células cultivadas.Provee ADN para digestiones de restricción, PCR e hibridización en Southern. El tiempo del procedimiento es de alrededor de 15-20 minutos. No hay fenol o cloroformo, desecho de lechadas vidriosas, lavados de tanda ni precipitaciones con etanol. Escalable [44, 45]
InnuPrep DNA minikit (AJ Innuscreen)Muestras de tejido, colas de roedores, muestras de tejidos embebidos en parafina y células eucariotasEl rendimiento y el tiempo de procesado dependen del uso de instrumentos FastPrep, adaptadores, y matrices de lisado. Posee una capacidad de unión de columna de: >100 ug ADNg y puede rendir hasta 65 ug.Provee ADN para PCR. Produce muestras de manera rápida y reproducible. Certificada para uso de diagnóstico in vitro [46]
QIAamp DNA mini kit (Qiagen)Tejido humano, hisopados (bucales, de ojo, nasal, faríngeo y otros), LCR, sangre, fluidos corporales y células lavadas de orina.Puede purificar ADN de hasta 50 kb. El rendimiento para ácidos nucleicos o ADN depende del material de partida. Por ejemplo, rinde 4-12 ug de ADN a partir de 200 ul de sangre, 25-50 ug de ADN a partir de 200 ul de capa leucocitaria y 15-20 ug de ADN a partir de 106 células.Provee ADN para PCR, RT-PCR, Southern blot, genotipificación por SNP y STR, e investigación farmacogenómica. Tiene un rendimiento alto y consistente. El ADN puede ser purificado a partir de hasta 25 mg de tejido o de 200 ul de fluido en 20 minutos. Puede ser automatizado en el QIAcube [47-54]
AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)Muestra celular de tejidoEl ADN genómico purificado tiene en promedio 15-30 kb dependiendo de las condiciones de homogeneización. El ARN total es de alta calidad y tiene un valor de RIN de 10 indicando que el ARN está intacto.Purificación simultánea de ADN y ARN total. El ADN genómico purificado es adecuado para Southern y análisis de doy y slot blot; y PCR y PCR múltiple. El ARN total purificado es adecuado para RT-PCR y RT-PCR en tiempo real; visualización diferencial (“diferential display”), síntesis de ADNc, Northern, dot-slot blot; y microarreglos. [55, 56]
Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen)Sangre completa, médula ósea, capa leucocitaria y fluidos corporales.El rendimiento depende del tipo de muestra, el tamaño del genoma del organismo fuente, y el número de células en la muestra. El rendimiento también va a depender de la calidad del material de partida. Por ejemplo, 16-50 ug a partir de 1 ml de sangre completa y 2-50 ug a partir de 1 ml de fluidos corporales.Provee ADN de alta calidad (relación A260/A280mayor a 1.7) para almacenar y para uso inmediato en aplicaciones subsiguientes. Provee ADN purificado de tamaño mayor a 50 kb, típicamente en el rango de 100-200 kb. [57, 58]
Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter)Tejido de mamíferosEl rendimiento depende del tipo de muestra. Puede rendir cerca de 18, 25 y 35 ug de ácidos nucleicos a partir de 25 mg de muestra de hígado de rata, cerebro de rata y cola de rata (resumen del producto, beckmancoulter.com)PCR, qPCR, AFLP, RFLP, RAPD, microsatélite, análisis de SNP (para genotipificación, huella genómica, etc.), secuenciación y resecuenciación clínica, y análisis en geles de agarosa. Provee aislamiento de ADN genómico con alto rendimiento. Sin extracción orgánica o centrifugación/filtrado. Tres platos de 96 pocillos pueden ser procesados en alrededor de 75 minutos en un equipo adecuado. [59]
Tabla 3. Resumen de los kits de extracción y purificación de ADN de tejidos y células animales.
Extracción de ADN a partir de células y tejidos vegetales

Los pasos básicos utilizados en el aislamiento de ADN, como se menciona arriba, necesitan ser modificado para considerar a las diferentes características de los tejidos y células vegetales. Químicos o enzimas utilizados para lisar células microbianas pueden no ser igualmente efectivos en células vegetales. Más aún, el contenido bioquímico dentro de la célula vegetal es muy diferente al de microorganismos y células animales. Muchas especies de plantas poseen un alto contenido de polisacáridos y polifenoles los cuales no son removidos mediante extracción con fenol (a diferencia de los microbios). Es necesario incluir en los kits métodos diferentes a aquellos utilizados para microbios para volver a lidiar con las características especiales de las células vegetales.

Un método es utilizar un detergente llamado bromuro de cetiltrimetilamonio (BCTMA) el cual formar un complejo insoluble con ácidos nucleicos y precipita selectivamente el ADN, dejando atrás carbohidratos, proteínas y otros componentes contaminantes. El precipitado conteniendo ADN puede ser desacomplejado disolviéndolo en 1N NaCl. El BCTMA puede ser incluido en cualquier paso del proceso de extracción. Para remover polifenoles se pueden utilizar concentraciones mayores de BCTMA con polivinilpirrolidona o polivinilpolipirrolidona.

Otro método es utilizar tiocianato de guanidinio (TICG), el cual asiste en la purificación de ADN vegetal de dos maneras. En primer lugar, desnaturalizada y disuelve proteínas, desintegra estructuras celulares, y disocia núcleoproteínas de ácidos nucleicos. Debido a esta propiedad, el TICG puede ser utilizado para liberar el ADN de prácticamente cualquier tipo de tejido. En segundo lugar, el ADN se une fuertemente a partículas de sílica en presencia de TICG. Esta propiedad puede ser utilizada para separar el ADN de las proteínas desnaturalizadas y otros componentes bioquímicos o celulares. Comúnmente las partículas de sílica se empaquetan en columnas de cromatografía y se les aplica el extracto de ADN tratado con TICG. El ADN se une selectivamente a la columna y puede ser eluido en el último paso luego de lavar los contaminantes celulares. En algunos procedimientos de extracción de ADN se puede incluir ácido ascórbico, ácido dietilditiocarbámico y 2-betamercaptoetanol para proteger el ADN contra la oxidación y degradación. El ARN puede ser removido utilizando ARNasa. La calidad de el ADN aislado es dependiente en gran medida de la condición fisiológica del material vegetal más que del protocolo del kit.

Los kits disponibles para la extracción de ADN de materiales vegetales se discuten mas abajo. Un resumen de estos kits se incluye en la tabla 4. Referir también a kits que pueden ser utilizados a grandes rasgos para células de mamíferos, microbios y plantas.

  1. NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II (Clontech): estos kits pueden ser utilizados para el aislamiento de ADN genómico a partir de células y tejidos vegetales, adecuado para PCR, Southern blot o cualquier tipo de reacción enzimática. También ofrece aislamiento de ADN genómico en paralelo en un formato flexible de tiras de ocho pocillos y en bandejas de 96 pocillos de alta capacidad de procesado. Luego de la homogeneización del material vegetal, el protocolo del kit utiliza un búfer de lisis conteniendo BCTA, garantizando la lisis el material vegetal. Como alternativa también se provee un búfer de lisis con SDS. Tras la remoción de polisacáridos, contaminantes, y restos celulares residuales en el paso subsiguiente, el lisado conteniendo principalmente ADN es aplicado a una membrana de sílica para purificarlo aún mas. Finalmente el ADN es eluido en búfer de elución o en agua destilada. También se incluye en el kit ARNasa para una remoción eficiente del ARN.
  2. DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen): este puede ser utilizado para aislar a hasta 15 ug de ADN celular total por pocillo a partir de tejido vegetal, incluyendo células vegetales, tejidos vegetales y fungi. El kit DNeasy Plant Mini Kit puede ser utilizado para procesar hasta 100 mg de tejido, el kit DNeasy Plant Maxi Kit puede procesar hasta 1 g de tejido. Brevemente, el material vegetal es homogeneizado, y luego incubado en búfer de lisis conteniendo ARNasa. Luego de la lisis, las proteínas y polisacáridos son precipitados con sal. Los restos celulares y el precipitado son removidos utilizando la columna QIAshredder. La muestra luego es aplicada a una membrana de sílica empacada en columnas de centrifugado, y luego de algunos pasos de lavado, el ADN es eluido en un búfer de baja salinidad o en agua. Se encuentra disponible en un formato conveniente de bandeja de 96 pocillos y provee un rendimiento altamente reproducible de ADN celular total. Productos relacionados: DNeasy Plant Mini Kit [60-62].
  3. Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare): este kit puede ser utilizado para aislar ADN de muestras vegetales frescas, congeladas o liofilizadas, y también puede ser utilizado para muestras fúngicas. Este kit utiliza un protocolo único con la resina Nucleon PhytoPure que une específicamente polisacáridos. El sistema de extracción Nucleon PhytoPure posee un protocolo relativamente mas simple que no requiere fenol ni BCTMA. Brevemente, se rompe la pared celular y las células se lisan en un reactivo conteniendo dodecil sulfato de potasio. El dodecil sulfato se utiliza aquí por su habilidad para formar a complejos con proteínas y polisacáridos. Luego se agrega cloroformo junto con una resina especialmente modificada propiedad de Nucleon PhytoPure, la cual une polisacáridos covalentemente. Como resultado se obtiene un ADN de alta calidad en el último paso. Junto con cloroformo, este procedimiento utiliza isopropanol frío y etanol 70 %.
Kit Fuente Rendimiento Uso y ventaja Referencias
NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II (Clontech)Células y tejidos vegetalesPuede aislar fragmentos de 50 pb-30 kb en un volumen de elución de 100-200 ul.El ADN extraído puede ser utilizado para PCR, Southern blot, o cualquier tipo de reacción enzimática. El procesado se puede hacer por vacío o por centrifugado. Adecuado para procesado manual y automático. [63, 64]
DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)Células y tejidos vegetales, fungiEl rendimiento típico es de 1-15 ug cada 50 mg de tejido de hoja vegetal, con un volumen de elución de 100-200 ul. La cantidad de ADN varía entre especies dependiendo del tamaño del genoma, ploidía, número de células y edad del tejido.El ADN es apto para PCR, análisis RAPD, análisis AFLP, análisis RFLP, Southern blot, análisis de microsatélites, genotipificación por SNP y PCR en tiempo real cuantitativa. No requiere de extracción orgánica ni precipitación por etanol. Provee un rendimiento reproducible y se encuentra disponible en un formato de bandeja con 96 pocillos. [65]
Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare)Muestras vegetales y fúngicasPuede proveer altos rendimientos.Provee ADN apto para digestión con enzimas de restricción, RAPD y AFLP. Protocolo rápido y simple. Evita el uso de fenol o bromuro de cetiltrimetilamonio (BCTMA). El procedimiento puede ser completado en alrededor de 1 hora. [66]
Tabla 4. Resumen de kits de extracción y purificación de ADN para tejidos y células vegetales.
Kits para tejidos y células animales y microbios

A continuación se detallan los kits que pueden ser aplicados para la extracción de ADN de mamíferos, así como de microorganismos. Un resumen de estos kits es incluido en la tabla 5.

  1. DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche): este equipo puede ser utilizado para la extracción de ADN genómico a partir de tejidos (hasta 1 g), células cultivadas (hasta 107), bacterias (hasta 1011) y levaduras. Evita el uso de extracciones orgánicas, columnas de intercambio aniónico y reactivos caotrópicos. Provee ADN genómico de entre 50 y 150 kb, y el procedimiento puede ser completado en alrededor de 2,5 horas.
  2. Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen): este kit aísla ADN a partir de un amplio rango de tamaños de muestras de sangre (100 ul a 1 ml), tejidos, células, bacterias, hisopados bucales, puntos de sangre, tejidos FFPE, y muestras preservadas en Oragene®. Se basa en tecnología de membrana de sílica. Este kit provee una flexibilidad mayor al incluir una versión de 96 pocillos, la cual no requiere de ningún equipo especial y puede ser procesada manualmente o en plataformas automatizadas..
  3. DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen): este kit puede ser utilizado para aislar ADN total (genómico, mitocondrial, y patógeno) a partir de una variedad de fuentes de muestra incluyendo tejidos y células animales fijados en formalina o embebidos en parafina, colas de roedores, sangre, bacterias, levaduras, pelo, insectos, etc. El ADN purificado puede tener un tamaño de hasta 50 kb, predominando fragmentos de 30 kb. Recupera eficientemente fragmentos de ADN tan pequeños como de 100 pb. Este kit utiliza una tecnología basada en sílica, en donde membranas de sílica con la habilidad de unir específicamente el ADN son empacadas en columnas de centrifugado. Luego de la lisis celular utilizando un búfer de lisis, el procedimiento de extracción de ADN puede ser completado en alrededor de 20 minutos.
  4. NucleoSpin® Tissue XS kit (Macherey Nagel): este kit puede ser utilizado para el aislamiento de ADN genómico a partir de tejidos (por ej., riñón de ratón, disecciones con micro láser), células (por ej., bacterias, levaduras y células en cultivo), muestras clínicas (por ej., muestras de biopsias, aspirados de aguja fina) y muestras forenses (por ej., puntos de sangre seca, hisopados bucales, huellas dactilares). Su principal ventaja es que provee una recuperación de ADN reproducible y confiable a partir de tan poco como 10 células preparadas por microdisección por captura láser y también puede ser utilizado para muestras mayores de hasta varios miligramos de tejido o precipitado de células. Este kit también utiliza una tecnología basada en membrana de sílica. Productos relacionados: Tissue, NucleoBond® AXG, NucleoSpin® 8 Tissue Core kit, NucleoSpin® 96 Tissue Core kit.
  5. GeneJET Genomic DNA Purification Kit: este kit facilita las purificación rápida y eficiente de ADN genómico de alta calidad a partir de varias muestras de tejidos y células en cultivo de mamíferos, sangre completa, bacterias y levaduras. Utiliza tecnología de membrana basada en sílica en la conveniente forma de una columna de centrifugado y el procedimiento toma menos de 20 minutos tras la lisis celular. Provee ADN purificado de tamaño mayor a 30 kb que puede ser utilizado directamente en experimentos de PCR, Southern blot y reacciones enzimáticas.
  6. FastDNA SPIN Kit (MP Biomedicals): este kit está diseñado para el aislamiento de ADN genómico a partir de plantas, animales, bacterias, levaduras, algas y hongos utilizando un método de filtro de sílica de centrifugado. Puede ser utilizado junto con cualquier instrumento FastPrep® para lisar y luego aislar ADN de hasta 200 mg de prácticamente cualquier muestra en menos de 30 minutos. El instrumento FastPrep® es un dispositivo de mesada el cual utiliza un movimiento vertical angular patentado para homogeneizar las muestras por impacto simultáneo y multidireccional con partículas de la matriz de lisis. El instrumento FastPrep® provee una homogeneización extremadamente rápida, eficiente y altamente reproducible que supera los métodos tradicionales utilizando digestión enzimática, sonicado, mezclado, mortereado y vortereado. Luego de la lisis, las muestras son centrífugas para precipitar la matriz de lisis junto con los restos celulares. El ADN es entonces purificado a partir del sobrenadante con un procedimiento GENECLEAN basado en sílica utilizando filtros SPIN. El ADN purificado es apto para digestión, electroforesis, PCR y cualquier otra aplicación deseada.
Kit Fuente RendimientoUso y ventaja Referencias
DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)Tejido, células cultivadas, bacterias y levaduras.El rendimiento y calidad del ADN depende en gran medida de la calidad del material de partida, el número de células por muestra y el tamaño del genoma de la fuente de la muestra.Provee ADN para PCR, secuenciación y Southern blots. No se requieren extracciones con solventes orgánicos, columnas de intercambio aniónico ni reactivos caotrópicos. [67]
Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen)Sangre, tejidos, células, bacterias, hisopados bucales, puntos de sangre, tejidos FFPE, y muestras preservadas en Oragene®.5-25 ug de ADN a partir de 5x105 - 5x106 células HEK 293.Se puede obtener ADNg de alta pureza (A260/A280= 1.86-1.88, A260/A230= 2.18-2.31), el cual es adecuado para PCR, PCRq, electroforesis, Shouthern blot, genotipificación y otros. Provee ADNg de alta pureza, flexibilidad incrementada y puede ser utilizado para un amplio rango de tamaños de muestras. [68, 69]
DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)Células o tejidos animales frescos o congelados, colas de roedores, sangre, bacterias, levaduras, pelo e insectos. Funciona con muestras embebidas en parafina o fijadas con formalina.El ADN purificado tiene una relación A260/A280 entre 1.7-1.9, y su tamaño es de hasta 50 kb, predominando fragmentos de 30 kb.El ADN obtenido puede ser utilizado para PCR, Shouthern blot, RAPD, AFLP y RFLP. Recupera eficientemente fragmentos de ADN tan pequeños como de 100 pb. Permite el procesado simultáneo de múltiples muestras. [8, 21, 35, 42, 44, 70-97]
Genomic DNA from Tissue kit (Macherey Nagel)Células frescas o congeladas, tejidos, puntos de sangre sobre cartas Guthrie/NucleoCard® /FTA, hisopados bucales, muestras forensesEl largo de los fragmentos de ADN genómico purificados dependen de la calidad del material de muestra y puede variar entre 500 pb de muestras microdiseccionadas por láser o muestras forenses, y hasta 30 kb de tejidos frescos o células cultivadas.Provee ADN para PCR en tiempo real y PCR múltiple. Alta recuperación de pequeñas cantidades de ADN. Volúmenes de elución muy pequeños (5 a 30 ul), otorgando ADN altamente concentrado. [53]
GeneJET Genomic DNA Purification KitMuestras de células y tejidos de mamíferos, sangre completa, bacterias, levadurasEl rendimiento depende de la cantidad y la fuente de la muestra, por ejemplo, rinde 4-6 µg de ADN a partir de 200 µl de sangre, 10-15 µg a partir de corazón de ratón y 5-20 µg a partir de 2x106 células HeLaPuede ser utilizado para muestras de células y tejidos de muchas fuentes y proporciona ADN genómico de alto peso molecular (>30 kb) adecuado para PCR, experimentos de biología molecular, experimentos de Southern blot, etc. Es fácil de usar y viene con columnas de centrifugado con tapa y ensambladas con tubos de recolección [98]
FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals)Células cultivadas, plantas, animales, bacterias, levaduras, algas y hongosAísla ADN a partir de hasta 200 mg de prácticamente cualquier muestra en menos de 30 minutos.El ADN purificado es apto para digestión, electroforesis, PCR y cualquier otra aplicación deseada [5]
Tabla 5. Resumen de kits de extracción y purificación de ADN de células y tejidos animales y microbios.
Kits para células de mamíferos, microbios y plantas

Los kits que pueden ser aplicados para la extracción de ADN a partir de la mayoría de las fuentes incluyendo mamíferos, microbios y plantas se tratan abajo. Un resumen de estos kits se incluye en la tabla 6.

  1. ArchivePure DNA purification kit (5Prime): Este kit se utiliza para purificar ADN genómico, mitocondrial o viral a partir de sangre completa y médula ósea, células cultivadas, tejidos animales y vegetales, bacterias Gram positivas y negativas y levaduras. Posee un sistema de purificación de ADN genómico en fase liquida y utiliza detergentes no tóxicos y sales. El 95 % el ADN purificado posee una longitud mayor a 50 kb y se encuentra en general alrededor de las 100-200 kb.
  2. FastDNA Kit (MP Biomedicals): Extrae ADN genómico a partir de tejidos vegetales y animales, células cultivadas, bacterias, levaduras, hongos, algas, virus e insectos. Utiliza tubos optimizados Lysing Matrix y un procedimiento GeneClean® basado en sílica para la purificación del ADN.
  3. DNAzol® Reagent (Invitrogen): Este reactivo puede ser utilizado para aislar ADN genómico a partir de muestras sólidas y líquidas de origen animal, vegetal, fúngico y bacteriano. Se encuentra diseñado para utilizar con tejidos, células o sangre. Es un reactivo completo y listo para usar..
  4. Easy-DNA® Kit (Invitrogen): Este kit puede ser utilizado para aislar ADN genómico de alto peso molecular a partir de muchos tipos de células y tejidos incluyendo tejido de mamíferos, sangre, folículos pilosos, colas de ratones, hojas de plantas, levaduras y células de E. coli. Está basado en una modificación del método de extracción orgánica. Utiliza cloroformo para remover contaminantes y etanol para precipitar y recuperar el ADN aislado.
  5. Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega): Puede ser utilizado para aislar ADN a partir de sangre completa, de glóbulos blancos, células de cultivo de tejidos, tejidos animales, tejidos vegetales, levaduras y bacterias Gram positivas y negativas. Brevemente, primero se lisan las células, luego se remueven las proteínas celulares por tratamiento con sal, el ARN ser elimina utilizando ARNasa, y finalmente el ADN es precipitado utilizando isopropanol.
  6. DNA Isolation Kits (BioBasic): Incluye los siguientes kits: Animal tissue & fungi genomic DNA extraction prep kit, Bacteria genomic DNA prep kit, Blood genomic DNA prep kit, Plant genomic DNA prep kit, Yeast genomic DNA extraction prep Kit. Los kits de BioBasic pueden ser utilizados para aislar ADN a partir de sangre, tejidos vegetales, tejidos y células de mamífero, bacterias y hongos [99].
Kit FuenteRendimiento Uso y ventaja Referencias
ArchivePure DNA purification kit (5Prime)Sangre completa, médula ósea, células cultivadas, tejidos animales y vegetales, bacterias Gram positivas y negativas y levadura.La cantidad y la calidad del ADN depende en gran medida de la calidad del material de partida, el número de células por muestra y el tamaño del genoma de la fuente de la muestra.Provee un método para aislar ADN de alto peso molecular con alta pureza. Procedimiento rápido. La relación A260/A280  para ADN aislado varía entre 1.7 y 2.0 [100]
FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC)Tejidos vegetales y animales, células cultivadas, bacterias, levaduras, hongos, algas, virus de insectos.El rendimiento y el tiempo de procesado dependen del uso de instrumentos FastPrep, adaptadores y matrices de lisado.Aísla ADN listo para PCR. Provee muestras de manera rápida y reproducible. [101]
DNAzol® Reagent (Invitrogen)Material de origen animal, vegetal, fúngico y bacteriano, incluyendo células, tejidos y sangre.Puede aislar ADN genómico a partir de 50 mg de tejido o 1 x 107 a 3 x 107 células con un mililitro de reactivo DNAzol®Aísla ADN para utilizar en digestiones con endonucleasas de restricción, Southern blots, clonado molecular y PCR. Es un reactivo completo y listo para usar. Un procedimiento confiable, eficiente y simple que puede ser completado en 30-60 minutos. [102-104]
Easy-DNA® Kit (Invitrogen)Células y tejidos incluyendo tejido de mamífero, sangre, folículos pilosos, colas de ratón, hojas de plantas, levaduras y células de E coli.Otorga ADN de alta calidad con un tamaño promedio entre 100 kb y 200 kb.Provee ADN adecuado para PCR, hibridización de ADN, construcción de librería de ADN genómico y otras aplicaciones. Puede obtener ADN de alta calidad a partir de muestras grandes o pequeñas de células, tejidos, plantas, levaduras, E. coli, sangre y folículos pilosos. Un procedimiento simple que puede ser completado en <90 minutos. [105, 106]
Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)Sangre completa, glóbulos blancos, células de cultivos de tejido, tejidos animales, tejidos vegetales, levaduras y bacterias Gram positivas y negativas.El rendimiento depende de la especie y la cantidad del material de partida. El rendimiento típico incluye 5-15 ug de ADN a partir de 300 ul de sangre humana, 9.5 - 12.5 ug a partir de 2.25 x 106 células NIH/3T3 (ratón), 15-30 ug a partir de 3x 106 células K562 (humanas), 10-30 ug a partir de 0.5-1.0 cm cola de ratón, 16 ug a partir de 5 x 106 células Sf9 (insecto), 7-12 ug a partir de 40 mg hoja de tomate (tejido vegetal), 20 ug a partir de 1 ml de E.coli (bacteria) y 4.5-6.5 ug de ADN a partir de 1 ml de cultivo de toda la noche de S.cerevisiae (levadura).Provee de ADN adecuado para amplificación, digestión con endonucleasas de restricción, e hibridizaciones en membrana tales como Southern blot y dot/slot blots. [21, 32, 107-111]
Tabla 6. Resumen de kits de extracción y purificación de muestras de origen animal, microbiano y vegetal.
Kits específicos para sangre completa

También hay kits disponibles para aislar ADN genómico a partir de sangre completa específicamente. Estos kits incluyen los siguientes:

  1. DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche): Este kit puede ser utilizado para la extracción de ADN genómico a partir de 1-10 ml de sangre completa (humana, de ratón, de rata). También puede ser utilizado para aislar ADN a partir de la capa leucocitaria y muestras de linfocitos. La cantidad promedio obtenida utilizando este kit es de aproximadamente 350 ug/10 ml, variando entre 200-700 ug para sangre de humano saludable (promedio, 5x106 leucocitos/ml). Provee ADN adecuado para PCR, PCR larga, secuenciación y Southern blot. Los beneficios de este kit incluyen el corto tiempo para todo el procedimiento (menos de 1,5 horas). También, la relación A260/A280 para muestras de ADN aislado es típicamente 1.7-1.9

    [67, 112].

  2. InnuPREP Blood DNA Mini Kit (AJ Innuscreen): Este kit puede aislar directamente ADN genómico a partir de muestras de sangre completa de hasta 300 ul. Provee altos rendimientos de hasta 12 ug dependiendo de la muestra y de la cantidad utilizada. Las ventajas de este kit son que produce ADN genómico de extremadamente alta calidad, y es de fácil uso, y también se encuentra certificado para uso de diagnóstico in vitro. Productos relacionados: InnuPREP Blood DNA Master Kit, InnuPREP Blood DNA MIDI Kit, InnuPREP Blood DNA MIDI Direct Kit.
Purificación de ADN de productos de PCR
  1. Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega): Este kit es utilizado para purificar ADN de doble hebra amplificado por PCR. Los productos de PCR son purificados de los contaminantes de manera efectiva, incluyendo dímeros de cebadores y cebadores de amplificación. Provee una recuperación mayor al 95 %, la cual puede ser obtenida cuando se aplican entre 50 ng y 16 ug de un producto de PCR de 500 pb a 1 ml de resina. Rendimientos típicos de 70-90 % pueden ser esperados para fragmentos de 500 pb con purificación a partir de agarosa de bajo punto de fusión. Los beneficios de este kit son que es un método de purificación directo de 15 minutos, es un proceso rápido y sencillo, y es relativamente menos costoso [59, 113].
  2. QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen): Este kit puede purificar directamente productos de PCR de doble o simple hebra (100 pb-10 kb) y lavar de ADN de otras reacciones enzimáticas con un rendimiento de hasta 10 ug y una recuperación de 90-95%. El sistema QIAquick combina la conveniencia de la tecnología de columnas de centrifugado con las propiedades de unión selectiva de una membrana de sílica de diseño único. En presencia de altas concentraciones de sales el ADN se adsorbe a la membrana de sílica mientras que los contaminantes no son retenidos. Las impurezas son lavadas eficientemente, y el ADN puro es eluido con búfer Tris o agua. El ADN purificado puede ser utilizado para realizar restricción, marcado, hibridización, PCR, ligado y transformación, secuenciación radioactiva y fluorescente, transcripción in vitro o microinyección. La principal ventaja de este kit es el rápido lavado del ADN

    [16, 49, 90, 101, 108, 114-129]. Productos relacionados: QIAquick Nucleotide Removal Kit y QIAquick Gel Extraction Kit [11, 48, 57, 78, 123, 130-134].

  3. MinElute PCR Purification Kit (Qiagen): Este kit está diseñado especialmente para el aislamiento rápido y fácil de fragmentos de ADN de reacciones de PCR (70 bp - 4 kb), geles de agarosa, o reacciones enzimáticas con un volumen de elución extremadamente pequeño de sólo10 µl. El MinElute PCR Purification Kit contiene una membrana de sílica para la unión de ADN en búfer de alta salinidad y elución con búfer de baja salinidad o agua. También provee columnas de centrifugado para el lavado de productos de PCR. Remueve cebadores, nucleótidos, enzimas, aceites minerales, sales y otras impurezas de la muestra de ADN. Un indicador de pH permite una fácil determinación del pH óptimo para la unión del ADN a la columna de centrifugado. El procedimiento puede ser automatizado por completo en el QIAcube. El ADN purificado y altamente concentrado que se obtiene al utilizar este kit es adecuado para su uso directo en aplicaciones tales como ligado y transformación, transcripción in vitro, secuenciación radioactiva y fluorescente, amplificación, digestión con enzimas de restricción, microinyección, marcado e hibridización.
  4. GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich): El kit está diseñado para una rápida purificación de productos de amplificación de PCR (100 pb a 10 kb) del resto de componentes de reacción incluyendo exceso de cebadores, nucleótidos, polimerasa de ADN, aceite y sales. El ADN se une a una membrana de sílica dentro de la columna de centrifugado. El ADN unido es luego lavado y el ADN limpio y concentrado es eluido en el búfer deseado. Cada columna puede purificar hasta 100 µl o 10 µg de ADN amplificado por PCR y recuperar hasta un 95 % de los productos de PCR entre 100 pb y 10 kb. El kit remueve >99 % de los cebadores y la mayoría de los dímeros de cebadores (<40 pb). El ADN purificado es adecuado para reacciones enzimáticas, secuenciación, clonado y análisis de microarreglos.
  5. PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies): Provee una remoción rápida y eficiente de dímeros cortos, dNTPs, enzimas, productos de PCR de cola corta y sales. Este kit está basado en la unión selectiva del ADN de doble hebra a membranas basadas en sílica en presencia de sales caotrópicas, removiendo impurezas por el lavado exhaustivo con búfer de lavado y elución del ADN purificado en búfer de elución de baja salinidad. Los kits son suministrados con dos búferes patentados: 1) el búfer de unión para purificar fragmentos de PCR de ADN de doble hebra de 100 pb a 12 kb, y 2) el búfer de unión de alto punto de corte para remover dímeros de cebadores o productos de PCR cortos contaminantes (<300 pb). El producto de PCR purificado es adecuado para secuenciación automática fluorescente de ADN, digestión por enzimas de restricción y clonado.
  6. GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific): Este equipo utiliza una tecnología de membrana basada en sílica patentada, en la forma de convenientes columnas de centrifugado para la purificación de fragmentos de ADN de entre 25 pb y 20 kb con altas tasas de recuperación de hasta un 100%. Remueve de manera efectiva cebadores, dNTPs, nucleótidos marcados no incorporados, enzimas, y sales de mezclas de reacción de PCR y otras reacciones. Cada procedimiento toma 5 minutos. El ADN purificado puede ser utilizado en aplicaciones subsiguientes comunes, tales como secuenciación, digestión de restricción, marcado, ligado, clonado, transcripción in vitro, experimentos de membrana o hibridización in situ.
Kit Fuente RendimientoUso y ventaja Referencias
Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega)Productos de PCRRecuperación ≥ 95% puede ser obtenida a partir de entre 50 ng y 16 ug de productos de PCR de 500 pbEs un método de purificación directa de 15 minutos, lo cual es un proceso simple y rápido, y es relativamente menos costoso. [59, 113]
QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen)Productos de PCR, reacciones enzimáticasProvee un rendimiento de hasta10 ug y una recuperación de 90-95 %Provee un lavado rápido. Provee ADN purificado para realizar restricción, marcado, hibridización, PCR, ligado y transformación, secuenciación fluorescente y radioactiva, transcripción in vitro, o microinyección. [16, 49, 90, 101, 108, 114-129]
MinElute PCR Purification Kit (Qiagen)Productos de PCR, reacciones enzimáticasRecuperación de fragmentos de ADN (70 bp - 4 kb) de 80%Permite una elución en volúmenes muy pequeños (10 µl), dando altos rendimientos de ADN altamente concentrado. Procedimiento rápido y de fácil manejo. Da recuperaciones altas y reproducibles. [135-137]
GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich)Productos de amplificación de PCR.Recupera hasta un 95 % de fragmentos de PCR de entre 100 pb a 10 kbPuede purificar hasta 100 µl o 10 µg de ADN amplificado por PCR en 5 minutos. Provee ADN aplicable para reacciones enzimática psp, secuenciación, clonado y análisis de microarreglos. Flexible y económico. [137-139]
PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies)Productos de PCRProvee una recuperación >80 % a partir de 50 - 100 μl de producto de PCR (50 ng - 40 μg ADNdh)Provee dos opciones de búferes de unión, para fragmentos >100 pb o >300 pb. Puede ser realizado ya sea en una única columna o bien en plato de 96 pocillos y toma <10 minutos. Remueve eficientemente cebadores, dNTPs, sales y enzimas sin precipitación con etanol. [140-142]
GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific)Productos de PCR, reacciones enzimáticasProvee hasta 90 - 100% de recuperación en el rango de 100 pb a 10 kbPurificación rápida (5 minutos) y eficiente de fragmentos de ADN, ideal para uso en todos los procedimientos convencionales de biología molecular tales como secuenciación, digestión de restricción, marcado, ligado, clonado, transcripción in vitro, experimentos de membrana o hibridización in situ. Es conveniente y viene con columnas de centrifugado que se tapan y ensamblan con los tubos de recolección. [143-145]
Tabla 7. Resumen de kits de purificación de productos de PCR y reacciones enzimáticas.
Kits para la extracción de ADN de geles
  1. MinElute Gel Extraction Kit (Qiagen): Puede ser utilizado para la extracción de fragmentos de ADN (70 pb a 4 kb) de geles de agarosa estándar o de bajo punto de fusión con una recuperación del 80 %. Todas las enzimas son removidas, independientemente del tamaño o estructura secundaria. Este kit combina la conveniencia de la tecnología de las columnas de centrifugado con las propiedades de unión selectiva de una membrana de sílica de diseño único. El ADN se adsorbe a la membrana de sílica en presencia de altas concentraciones de sales mientras que los contaminantes fluyen a través. Las impurezas son lavadas eficientemente, y el ADN puro es eluido en búfer Tris o agua. El ADN purificado puede ser utilizado para realizar ligado y transformación, secuenciación radioactiva y fluorescente, digestión con enzimas de restricción, marcado, hibridización, PCR, transcripción in vitro o microinyección. La principal ventaja de este kit es su habilidad para dar fragmentos de ADN purificado en altas concentraciones (volumen de elución de 10 ul) [11, 134, 146]. Productos relacionados: MinElute Reaction Cleanup Kit y MinElute PCR Purification Kit [11, 100, 147-150].
  2. ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit (Zymo Research): Este kit provee una purificación rápida de ADN de alta calidad de geles de agarosa con búfer TAE/TBE. Se basa en la tecnología Fast-Spin. Para ADN de 50 pb a 10 kb, la recuperación es de 70-90%. Para ADN de 11 kb a 23 kb, la recuperación es de 50-70%. El ADN purificado es adecuado para reacciones de ligado, secuenciación, reacciones de marcado de ADN, PCR, etc. La principal ventaja de este kit es su capacidad de rendir >6 ul de ADN purificado de alta calidad en 15 minutos [8, 151].
Otros kits

También hay kits disponibles para 1) preparar muestras de ADN para aplicaciones tales como secuenciación de última generación y preparación de librerías de expresión, 2) purificar ADN de doble hebra amplificado por PCR y 3) generar librerías de fragmentos a partir de una muestra de ADN. Estos son los siguientes:

  1. NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 (New England Biolabs): Consiste de enzimas y búferes que son utilizados para la preparación de la muestra para secuenciación de última generación, y para la preparación de librerías de expresión. Los componentes del kit son controlados por lote, tanto individualmente como en conjunto. Los reactivos pasan por controles de calidad adicionales, y son validados funcionalmente para proveer un rendimiento máximo. La principales ventajas de este kit incluyen: se encuentra disponible en sets, mezclas maestras y módulos; todos los reactivos pasan por controles de calidad exhaustivos para asegurar una máxima calidad y pureza; y cada set o módulo de reactivos es validado funcionalmente. Mas aún, preparan muestras para secuenciación de última generación, construcción de librerías de expresión, arreglos de hibridización de alta densidad (SPRS2 y SPMMS2) y métodos de hibridización de sustracción genómica (SPRS2 y SPMMS2) [101, 152, 153].
  2. Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega): Este equipo es utilizado para purificar ADN del doble hebra amplificado por PCR. Los productos de PCR son purificados de contaminantes efectivamente, incluyendo dímeros de cebadores y cebadores de amplificación. Provee una recuperación mayor al 95 %, la cual puede ser obtenida cuando se aplican entre 50 ng y 16 ug de un producto de PCR de 500 pb a 1 ml de resina. Se pueden esperar rendimientos típicos de 70-90 % para fragmentos de 500 pb con purificaciones a partir de agarosa de bajo punto de fusión. Los beneficios de este kit son que es un método directo de purificación de 15 minutos, es un proceso rápido y simple, y es relativamente menos costoso [58, 151].
  3. QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen): este kit puede purificar productos de PCR de doble o simple hebra (100 pb a 10 kb) de manera directa, a partir de reacciones de amplificación y limpiar el ADN de otras reacciones enzimáticas con un rendimiento de hasta 10 ug y una recuperación de 90-95 %. El sistema QIAquick combina la conveniencia de la tecnología de columnas de centrifugado con las propiedades de unión de una membrana de sílica de diseño único. El ADN se adsorbe a la membrana de sílica en presencia de altas concentraciones de sal mientras que los contaminantes fluyen a través. Las impurezas son removidas eficientemente, y el ADN puro es eluido con búfer Tris o agua. El ADN purificado puede ser utilizado para realizar restricción, marcado, hibridización, PCR, ligado y transformación, secuenciación radioactiva o fluorescente, transcripción in vitro o microinyección. La principal ventaja de este kit es la rápida limpieza del DNA [15, 48, 89, 100, 107, 113-128]. Productos relacionados: QIAquick Nucleotide Removal Kit y QIAquick Gel Extraction Kit [11, 47, 56, 77, 122, 129-133].
  4. GS FLX Titanium Rapid Library Preparation Kit (Roche): Este kit consiste de reactivos para la creación de una librería de fragmentos a partir de una muestra de ADN a ser secuenciada, tales como ADN genómico de un organismo de interés. El procedimiento requiere de 500 ng de ADN, el cual debe ser de doble hebra, posee una relación A260/A280 de alrededor de 1,8 y una concentración de al menos 5 ng/ul. La librería producida consistirá de un set de fragmentos de ADN de simple hebra representando la secuencia completa de la muestra. Cada fragmentado se encuentra flanqueado por adaptadores de ADN adecuados para amplificación y secuenciación, luego purificados y cuantificados. Las principales ventajas son que esta tecnología es adecuada para secuenciar genomas de cualquier tamaño, y que el proceso puede ser realizado por una sola persona en un laboratorio adecuadamente equipado [154].
Kits para la extracción y purificación de ADN en literatura

Los kits de muchos proveedores han sido utilizados para extraer o purificar ADN a partir de varias fuentes en las 271 publicaciones revisadas por Labome..

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Kit NúmProveedorNúm
Microbios 25
Life Technologies3
MO BIO Laboratories6
Qiagen16
Tejidos y células de mamíferos18
Qiagen18
plantas8
Clontech3
Qiagen5
Células de mamíferos y microbios32
Life Technologies2
Qiagen30
Células de mamíferos, microbios y plantas14
Epicentre Biotechnologies2
Life Technologies6
Promega6
sangre completa22
Illumina3
GE Healthcare5
Life Technologies3
Qiagen11
Otros Kits60
Beckman Coulter7
Life Technologies5
New England Biolabs3
Promega2
Qiagen39
Zymo Research4
Tabla 8. El número de publicaciones (Núm) que cita cada tipo principal de kit de purificación y extracción de ADN de los principales proveedores, al día 1 de Abril del 2015.
Aislamiento de ADN de microbios

El kit PowerMax Soil DNA Isolation Kit de MO BIO Laboratories fue utilizado para investigar los virus de Emiliania huxleyi en sedimentos del Mar Negro [2] y el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11]. El kit PowerSoil DNA isolation kit de la misma compañía fue utilizado para estudiar la protección de las plantas contra hongos patógenos de raíces por bacterias del suelo [12] y el efecto de la dieta a largo plazo en la composición del microbioma intestinal [14].

El kit QIAamp DNA stool mini kit de Qiagen fue utilizado para investigar el efecto de la microbiota intestinal en la infección por virus entérico [16], el efecto regulatorio de PD-1 en la selección de IgA y la composición de la microflora intestinal [24], la inmunidad protectora conferida por la microflora dermal [25], la influencia de la interacción entre hongos comensales y Dectin-1 en la colitis [26], la respuesta inmune a comensales inducida por infección gastrointestinal aguda [27] y la protección contra el sistema inmune del mutualismo huésped-bacteria en el intestino otorgada por la lectina antibacteriana RegIIIgamma [28]. El kit QIAprep Spin Miniprep Kit de la misma compañía fue utilizado para investigar la interacción entre p37 del virus Vaccinia y proteínas asociadas a LE [15] y el efecto de la microbiota intestinal en la infección por virus entérico [16]. El kit Plasmid Maxi Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la regulación de los estados patogénicos y mutualistas de Photorhabdus luminescens [8] y la estructura de la subunidad ribosomal 60S eucariota en asociación con eIF6 [17].

Extracción de ADN de células y tejidos de mamíferos

El kit AllPrep DNA/RNA Mini Kit de Qiagen fue utilizado para investigar las diferencias entre las secuencias del ARN y el ADN correspondiente en el transcriptoma humano [55] y el origen y evolución de los virus de reticuloendoteliosis [56]. El kit QIAamp DNA Mini Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el origen de los transposones de ADN [52], la protección de endosimbiontes de insectos por el péptido antimicrobial Co1A [53], la interacción entre APOBEC3G y el virus de la leucemia murina [47], loci metilados asociados con cáncer de próstata [48], la mutación de EGFR y KRAS en pacientes con adenocarcinoma de pulmón [49], la relación entre el reloj circadiano y el riesgo de contraer cáncer [50], la influencia de factores bacterianos y genéticos en el cáncer gástrico en Costa Rica [51] y la relación entre la hipermetilación global y la inestabilidad cromosomal [54]. El kit Gentra Puregene Tissue Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el rol de la metilación del ADN en la regulación génica [23], la deleción del grupo de genes HoxC en peces elasmobranquios [36], el daño al ADN y la tumorigénesis inducida por el metabolismo de PAH mediado por las células de Langerhans [35], la fusión de cromosomas a través de los extremos con deficiencia de telomerasa [37], la historia de invasión de Solenopsis invicta [38], e inhibición de la biogénesis del ribosoma bacteriano [155]. El kit Gentra Puregene Cell Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la asociación entre las mutaciones de nucleótido único (SNPs) de GCH1 y el grado de dolor infligido por capsaicina [39], la inducción de enfermedades linfoproliferativas por activación constitutiva de JAK3 en ratones [40] y el rol de DGJ en la forma atípica de la enfermedad de Fabry [41].

Extracción de ADN de plantas

Las columnas NucleoSpin de Clontech fueron utilizadas para investigar las mutaciones de NOTCH1 asociadas con los carcinomas de cuello y cabeza [100] y oligodendriomas inducidos por mutaciones de CIC y FUBP1 [149].

El kit DNeasy Plant Mini Kit de Qiagen fue utilizado para investigar la cepa de Phytophthora infestans responsable de la hambruna de la papa en Irlanda [156], las asociaciones mutualistas entre orquídeas y abejas polinizadoras [60], epigenomas de arroz [61] y mutualismo entre plantas y hongos micorrízicos [62].

Extracción de ADN de células de mamíferos y microbios

El kit Purelink Genomic DNA extraction kit de Life Technologies Invitrogen fue utilizado para investigar la transformación de linfocitos en pollos inducida por el virus de Marek [68] y la resistencia bacteriana a antibióticos [69].

El kit DNeasy Blood and Tissue Kit de Qiagen fue utilizado para investigar la evolución de la virulencia del Mycoplasma gallisepticum [157], la duración óptima del tratamiento con la combinación más potente de antibióticos para inhibir el crecimiento bacteriano [158], la asociación de aneuploidía en células tumorales con la inactivación de STAG2 [71], la relación entre la inestabilidad del genoma mitocondrial con el cáncer de mama humano [72], mutaciones de KRAS en carcinomas de ovario [73], retrovirus recombinante XMRV en muestras humanas [74], el daño al ADN y la tumorigénesis inducida por el metabolismo de PAH mediado por células de Langerhans [35], pérdida de sueño en playeritos pectorales macho [44], la asociación de la sensibilidad al everolimus con la mutación de TSC1 en pacientes con cáncer [75], la relación entre la estancación de la Pol II, la regulación de la expresión génica y la estructura de la cromatina [76], el efecto del Anaplasma phagocytophilum en la actividad de catepsina L [77], la función de la improntación de CDKN1C y de su activación [78], la regulación de la estabilidad de DNMT1 [79], los mecanismos moleculares de la génesis del meduloblastoma [80], el espectro mutacional del carcinoma escamoso de cuello y cabeza [81], diversificación de mamíferos [42], genomas y metagenomas [82], la adquisición de resistencia a avermectina en C. elegans [83], la evolución de los cromosomas sexuales en las serpientes [84], el rol de decorina en cáncer [85], los genes de la señalización de EGFR en líneas celulares de cáncer de pulmón [86], la regulación de secreción de la proteína quimioatractiva 1 de monocitos [87], la expresión de PIK3CA en la superficie del epitelio del ovario [88], las modificaciones metiladas del promotor de ER beta en cáncer de ovario [89], la hepatotoxicidad inducida por acetaminofeno [90], la participación de las actividades de Parp/Parg en el mantenimiento de la metilación del ADN [91], el mecanismo detrás de la resistencia a la disecación en Sinorhizobium meliloti Rm1021 [92], la asociación entre PRDM9 y la activación de sitios calientes de recombinación en mamíferos [93], el rol de Eos durante el silenciamiento de genes dependiente de Foxp3 [94], la variación genética en Myodes glareolus [95], el rol de FGF21 en el alargamiento de la vida en ratones [159], la posible relación entre el síndrome de fatiga crónica y el virus de leucemia murina [21], la influencia del ambiente en la expresión de Agouti [70], el rol de LTA4H en la limitación de la inflamación neutrofílica pulmonar crónica [97] y la regulación de los estados patogénicos y mutualistas de Photorhabdus luminescens [8].

Extracción de ADN de células de mamíferos, microbios y plantas

El kit DNAzol de Life Technologies Invitrogen fue utilizado para estudiar la formación del heterodímero gE/gI en la disperción eficiente de célula a célula [103], la represión de una red pleiotrópica epigenética inducida por la mutación de CRABP2 [104], los microADN en células de mamíferos [102], y el ciclo celular asimétrico [160]. El kit Easy-DNATM Kit de Invitrogen fue utilizado para estudiar la proteína ClpB de Mycoplasma pneumonia [105] y la regeneración del gusano “planaria” [106].

El kit Genomic DNA Purification Kit de Promega Wizard® fue utilizado para investigar la regulación de la expresión de phosphacan por Egr-1 en astrocitos luego de obturación experimental [108], mutaciones en el exón 3 de CTNNB1 y la acumulación de beta catenina en pacientes con adenomas paratiroideos [109], la relación entre polimorfismos en RMI1, TOP3A así como BLM y el riesgo de cáncer [32], las características clínicas y mutaciones en los genes ENG, ACVRL1, y SMAD4 en pacientes coreanos con telangiectasia hemorrágica hereditaria [110], el rol del polimorfismo A1818T en el intrón 2 del receptor de angiotensina II tipo 2 en el desarrollo de la nefropatía por inmunoglobulina A [111] y la asociación entre la susceptibilidad a TB y severidad con polimorfismos en genes de citoquinas en pacientes pakistaníes [107].

Extracción de ADN a partir de sangre completa

El kit GFX Genomic Blood DNA Purification Kit de GE Healthcare fue utilizado para investigar la pérdida de sueño en playeritos pectorales macho [44] y el tratamiento de perros Golden Retriever con distrofia muscular [45].

El kit QIAamp 96 DNA Blood Kit de Qiagen fue utilizado para investigar la relación entre los polimorfismos en RMI1, TOP3A así como BLM y el riesgo de cáncer [32] y la asociación de los loci de susceptibilidad al cáncer de mama con la densidad mamográfica [31]. El kit QIAmp DNA Blood Midi Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el rol del ARN pequeño nuclear U4atac en el desarrollo humano temprano y en la supervivencia posnatal [29] y la formación de tumores en la próstata humana [30]. El kit DNA Blood Maxi Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar las mutaciones de RAS en pacientes con leucemia mieloide [33] y el rol de viperin en la infección humana por cytomegalovirus [34]. El kit QIAamp DNA Blood Mini Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la posible relación entre el síndrome de fatiga crónica y el virus de leucemia murina [21], la función de ADAR1 en células madre hematopoyéticas [20] y la asociación entre el cáncer de próstata y los polimorfismos de MnSOD y NAT así como el hábito de fumar cigarrillos [22]. El kit Gentra Puregene Blood Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el diseño racional de drogas para el cáncer resistente a la castración sin resistencia a andrógenos basada en mutaciones [18], la influencia de la variación de CYP2C19 en la respuesta de pacientes con enfermedad arterial coronaria al prasugrel y el clopidogrel [57] y la expresión del gen de arilsulfatasa I en células ARPE-19 [58].

Otros kits

Las microesferas AMPure XP de Beckman Coulter fueron utilizadas para estudiar el almacenamiento de información basado en DNA [161], la pérdida somática de mutaciones que causan enfermedad en pacientes con ictiosis [162], la influencia de perturbaciones en la dieta en la microbiota intestinal humana [134], la modulación de la función del microbioma intestinal por las dietas [130], el mecanismo de control del crecimiento mediado por etileno en Arabidopsis [146] y el rastreo del tiempo controlado por un activador cíclico en Arabidopsis [163].

Las microesferas Streptavidin Dynabeads M-280 de Life Technologies Invitrogen fueron utilizadas para investigar la transcripción por Pol I [164] y el esplicing de intrones en el desorden del desarrollo MOPD I [165].

El kit NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 de New England Biolabs fue utilizado para investigar las variantes de metilación en diferentes generaciones de Arabidopsis thaliana [152], las mutaciones de MED12 en pacientes con fibroides [101] y la distribución de 5-hidroximetilcitosina en células madre de ratón [153].

El kit PCR Preps DNA Purification System de Promega Wizard® fue utilizado para investigar la expresión del gen de arilsulfatasa I en células ARPE-19 [58] y la convergencia adaptativa en E. coli [151].

El kit MinElute Gel Extraction Kit de Qiagen fue utilizado para investigar el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11], la influencia de las perturbaciones de la dieta en la microbiota intestinal humana [134] y el mecanismo de control del crecimiento mediado por etileno en Arabidopsis [146]. El kit MinElute PCR Purification Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar los roles de la carotenogénesis en maíz [147], el método de mutación génica en peces cebra [148], mutaciones de NOTCH1 asociadas con carcinomas escamosos de cuello y cabeza [100], oligodendriomas inducidos por mutaciones en CIC y FUBP1 [149], linajes de bacterias en el océano obscuro [150] y el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11]. El kit QIAquick Gel Extraction Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el impedimento de la diferenciación de células B inducido por TCDD [129], la relación entre APOBEC3G y los virus de leucemia murina [47], el rol del grupo de genes ORF9-a-ORF12 en la replicación del virus varicella-zoster y la infección de piel [131], el efecto de Anaplasma phagocytophilum en la actividad de catepsina L [77], la función de HlyU en Vibrio vulnificus CMCP6 [122], el valor de diagnóstico de los patrones de metilación de las islas de CpG CXCL12 y ESR1 en el cáncer de mama esporádico [132], el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11], la modulación de la función del microbioma intestinal por las dietas [130], la evolución de una ribozima capaz de sintetizar ARN [133] y el origen y la evolución de los virus de reticuloendoteliosis [56]. El kit QIAquick PCR Purification Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el efecto modulador de USF1 en los ritmos circadianos moleculares y comportamentales en mamíferos [128], el mecanismo del cambio de virulencia de Histoplasma capsulatum sensible a temperatura [114], la interacción entre ENT4 y EWS/WT1 [113], la relación entre expresión génica y marcas epigenéticas [115], el valor predictivo de la deficiencia de C4A o C4B en la supervivencia al carcinoma metastásico de células renales [116], loci metilados asociados al cáncer de próstata [48], la fusión de genes en cáncer [117], la asociación entre la susceptibilidad a TB y severidad con polimorfismos en genes de citoquinas en pacientes pakistaníes [107], la interacción entre el p37 del virus Vaccinia y proteínas asociadas a LE [15], polimorfismos del adaptador de TLR bajo presión selectiva por malaria [118], mutaciones del gen de sulfotransferasa 6 de carbohidratos en pacientes con distrofia corneal macular [119], las modificaciones metiladas del promotor ER beta en células de cáncer de ovario [89], la regulación de la señalización de Bmp por Bmper [120], la función de SIRT1 en adipocitos [121], la función de HlyU en Vibrio vulnificus CMCP6 [122], mutaciones de NOTCH1 asociadas con los carcinomas de cuello y cabeza [100], la capacidad de polímeros genéticos sintéticos para almacenar información [123], la síntesis del alcaloide noscapina en Papaver somniferum [124], el efecto regulatorio de Myrf sobre la mielinización del sistema nervioso central [125], el rol de Lsd1 durante la maduración de células sanguíneas [126] y el origen del Aboriginal Australians [127].

El kit DNA Clean and Concentrator Kit de Zymo Research fue utilizado para investigar la relación entre la estructura de la cromatina y la expresión génica [166] y la convergencia adaptativa en E. coli [151]. El kit ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la convergencia adaptativa en E. coli [151] y la regulación de los estados mutualistas y patogénicos de Photorhabdus luminescens [8].

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ISSN : 2329-5139